Azure App ServiceにJavaのWebアプリケーションをJar形式でデプロイするには、web.config という設定ファイルをインスタンスの/site/wwwroot/web.configに配置します。Spring Bootのjar形式のアプリケーションをデプロイする時の web.config の記述例は次のサンプル の通りです。ちなみに web.config というのは、もともとはIISでの設定ファイルフォーマットですので、設定項目はそちらに従います。
web.config のアップロードは、例えば、Maven Plugin for Azure App Serviceの場合は、pom.xmlに記述すると設定に従って web.config を生成してアップロードしてくれます。
Azure Toolkit for IntelliJ の場合は、src/main/resources/webapp に web.configを配置すると、デプロイ時に内容を読み取ってインスタンスにweb.config をアップロードしてくれます。なお、この機能は、デプロイするAppServiceのインスタンスがWindowsの場合に限られます。

コンソールのメッセージ中の枠で囲った部分が web.config をデプロイしている箇所です。

以上、Azure Toolkit for IntelliJでAzure App ServiceにJar形式のデプロイを行う方法についてでした。